El Mariscal de Zepita Andrés de Santa Cruz y Calahumana, el 25 de mayo de 1829, creó el Estado Mayor General del Ejército Nacional que posteriormente fue denominado Comando en Jefe el 31 de enero de 1949.
La institución militar fue reorganizada el 24 de julio de 1953, estableciendo que el Comando en Jefe sea el más alto organismo de mando y decisión de carácter técnico operativo y de permanente coordinación y dirección de las Fuerzas Armadas de Bolivia.
El Comando en Jefe está encargado de preservar la Defensa del Estado, tanto de amenazas externas e internas, velando también por la seguridad, estabilidad y soberanía del Estado.